Karakuyu, Afyonkarahisar ilinin Emirdağ ilçesine bağlı bir köydür.
Oğuz Türklerinden olan Karabağlar, Azerbaycan’da Kür ve Aras ırmakları ile Gökçe Göl arasında bulunan ve Arran diye anılan bölgenin Türkçe adıdır.
Bu bölge tarihi boyunca Türk topluluklarının gelip yerleştiği ve yurt tuttuğu bir yerdir.
11. yüzyıl başlarından 14. yüzyıla kadar bu bölgeye gelip yurt tutmuş Oğuz Türklerinden oluşmaktadır ve bunların çoğunluğu da Yıvalar ve Afşarlar tarafından teşkil edilmektedir.
1828 yılına kadar Rusya ve İran çekişmesine sahne olan Karabağ, Türkmen-çay Anlaşmasından sonra tamamen Rusların eline geçmiştir.
Cevanşirlerin bir kısmı Osmanlı topraklarına göç edip Anadolu’da yerleşmişlerdir.
Karakuyu Köyu halkları da o donemde Osmanli topraklarina gelip yerleşen bu OĞUZ TÜRKMEN boyundandır.
Türkler bu bölgeye on birinci yüzyılda gelmeye başlamışlardır.
Karakuyu köyu halki günümüzde dahi halen Karabağlar olarak bilinmektedir.
CEVANŞİR AFŞAR TÜRKMENLERİ kültür gelenek ve görenekleri yaşanmaktadır.
Afyonkarahisar iline 90 km, Emirdağ ilçesine 20 km uzaklıktadır.
Köyün iklimi, karasal iklim etki alanı içerisindedir.
Köyün nüfusu:2008 1752000 2411997 214
Köyün ekonomisi tarım ve hayvancılığa dayalıdır.
Köyde ilköğretim okulu vardı fakat 2009 yili itibariyle kapandi(ogrenci olmadigi icin).
Köyün içme suyu şebekesi vardır ancak kanalizasyon şebekesi yoktur.
PTT şubesi ve PTT acentesi yoktur.
Sağlık ocağı ve sağlık evi yoktur.
Köye ulaşımı sağlayan yol asfalt olup köyde elektrik ve sabit telefon vardır.