Bağyüzü Köyü’nün adı köyün tarihinde hiç değiştirilmemiştir. Köy ve çevresinde üzüm bağlarının bolluğundan dolayı bu ad verilmiştir.Köyün kuruluş tarihi bilinmemekle birlikte Anadolu Selçuklu Devleti döneminde Anadolu’ya göç eden Türkmenler tarafından bu bölgenin yerleşim yeri olarak seçildiği tahmin edilmektedir. Sahildeki yerleşim birimlerinin aksine Bağyüzü Köyü’nün ilk kurulduğu günden beri Türk köyü olduğu bilinmektedir. Köyün güneybatısındaki “Koca Avlu “ mevkiinde eskiden kalma mezar taşları olması sebebiyle ilk yerleşim yerinin bu bölge olduğu sanılmaktadır. Daha evvel İzmir İli Bergama İlçesi’ne bağlı olan köy 1941 tarihinde Ayvalık ilçesine bağlanmıştır. Köy halkının birçoğu yerli olup Umurlar adlı bir köyde başlayan salgın hastalık sonucu Bağyüzü Köyü’ne göç edenlerin de burada kalıp köylülerin arasına karıştığı söylenir. Ayrıca Çanakkale İli Yenice İlçesi’nden gelip köyde kalan küçük bir grup ta mevcuttur.