Tiflis-Kars arasındaki posta yolu, atlı tramvayın mola ve aktarma istasyonunun kurulmasından sonra İsviçreli iş adamlarının bölgenin Alp dağlarına olan benzerliği nedeniyle Malakanların bol miktarda ürettikleri sütü işlemek için kurdukları gravyer peyniri imalathanesi "zavotu (mandıra)" kurulmasıyla burada yerleşim başladı. Köy yerleşkesi 1880' li yıllarda kuruldu. 1917 Bolşevik Devrimi' nden sonra Ruslar' ın geri çekilmesinden sonra Malakanlar 1920' de Rusya' ya geri döndü. Kars' ın yeniden Türk egemenliğine geçmesiyle köye Tiflis’in Borçalı bölgesinde yaşayan Karapapaklar(Terekeme) yerleşmiştir. Borçalı’dan gelen Karapapaklar Borçalı bölgesinde de yaklaşık 40 yıldır İsviçrelilerden aldıkları mandıralarda ve kendi yaptıkları yerlerde gravyer peyniri ürettiklerinden Boğatepe köyü Kars bölgesinde Cumhuriyet dönemi peynirciliğin başlatılması ve geliştirilmesinde öncülük yapmıştır. Köyün adı 1936 yılında Boğatepe olarak değiştirildi.Köyde 2005 yılında Türkiye’ nin ilk peynir müzesi olan Zavot Eko Müze'si kurulmuştur.Köyde Karapapak(Terekeme) Türkleri' nin gelenek ve görenekleri yaşatılmaktadır.Kars il merkezine 40 km uzaklıktadır.Köyün iklimi, Karasal iklimi etki alanı içerisindedir.Köyün ekonomisi tarım ve hayvancılığa dayalıdır. Peynircilik köy ekonomisinde önemli yer tutmakta olup, halen Kars bölgesinde geleneksel gravyer ve kaşar üretiminin yapıldığı tek köydür.Köyde faal olan ilköğretim okulu vardır. Köyün içme suyu şebekesi var ama kanalizasyon şebekesi yoktur. PTT acentesi vardır. Boğatepe´nin sağlık ocağı vardır ancak faal değildir. Köye ayrıca ulaşımı sağlayan yol asfalt olup köyde elektrik ve sabit telefon vardır.