Hümaşah ile İskender arasındaki kuvvetli bağ şüpheleri üzerlerine çekiyor. İskender’in kayıp şehzade olduğunu Ahmed’e çok yakın bir isim öğreniyor! İskender’in sırrı tehlikeye mi giriyor? Sultan Ahmed her şeyden habersiz iktidarını taçlandırmanın hayallerini kurarken, büyük bir tehlike onu bekliyor! 

Yıllar geçmiş, haremde Kösem’in iktidarında yeni bir düzen kurulmuştur. Bir yandan imparatorluğun görkemi ve ihtişamı Sultanahmet Camii ile taçlanırken, diğer yandan şehzadelerin büyümesi ile hanedan yeni iktidar savaşlarına gebedir.
Safiye Sultan ise Kösem’in iktidarını bitirmek için çevresini dört bir yandan kuşatmaya çalışır.. Sultan Ahmed için hususi olarak yetiştirilmiş güzel ve alımlı bir cariye saraya girer. Ancak bu kız sıradan bir cariye değildir. Geçmişinde sarayla olan bağı haremde tüm dengeleri alt üst edecektir. 

Safiye Sultan, oğlu İskender’i tahta çıkarmak için tehlikeli bir hamle yaparken, İskender’in kayıp şehzade olduğunu öyle biri öğrenir ki sır tehlikeye girmek üzeredir. 

Şehzade Mustafa ise yıllar sonra ilk kez kafesten çıkar. Hareme alışmakta güçlük çeken Mustafa, ilk gecesi felaketle sonuçlanır. Mustafa’nın akıl sağlığının yerinde olmadığını gören Halime ve Dilruba, Mustafa’yı korumak için büyük bir suç işlerler.. 

Sultan Ahmed, Kösem’le ve çocuklarıyla birlikte mutlu, huzurlu bir aile kurmuş, iktidarını sağlam temellere oturtmuştur. Ancak bu mutlu tablo bozulmak üzeredir.. Muhteşem Yüzyıl Kösem, nefesleri kesecek yeni bölümüyle Star’da.. 

Kösem Sultan kaçırılıyor! Safiye Sultan’dan şüphelenen Sultan Ahmed ise öfkeyle kız kulesine gidiyor. Safiye Sultan ise Ahmed’i şaşkına çeviren bir teklifte bulunuyor. Eşkiya tarafından esir tutulan Kösem ise öyle bir bilgiye ulaşıyor ki düşmanını gafil avlıyor.Mustafa’nın hastalandığını öğrenen Halime, emirleri hiçe sayıp oğlunun yanına gidiyor. 

Ahmed, Kösem’in özlemiyle yanıp tutuşurken, esir tutulduğu yerden kaçmaya çalışan Kösem’in hayatı tehlikeye giriyor. Hümaşah Sultan ile Züfikar arasındaki yakınlaşma git gide artarken, Hümaşah’ın kocası Hasan Paşa payitahta geliyor. Boşanmak istemeyen Hasan paşa, Hümaşah’ı sırrını açıklamakla tehdit ediyor. Hümaşah, kanıtları yok etmeye çalışırken, Hümaşah’ı saraydan göndermek isteyen Kösem bu sırrın peşine düşüyor. 

Safiye Sultan, onu yeniden hayata döndürecek bir mucize yaşarken, Kösem haremin idaresini ele geçirmek için Hümaşah Sultan’a büyük bir darbe vurmaya hazırlanıyor. 

 Kösem’in kaçırılmasının arkasında Safiye Sultan’ın olduğunu düşünen Ahmed, öfkeyle hesap sormaya gider. Olan bitenden haberi yokmuş gibi davranan Safiye, Ahmed’e bir teklifte bulunur. Ahmed, Kösem’i kurtarabilmek için büyük bir taviz verirken, esir tutulduğu yerden kaçmaya çalışan Kösem, tehlikeyle burun buruna gelir. 

Hümaşah Sultan’ın kocası Hasan Paşa ise payitahta gelir. Boşanma meselesini öğrenince öfkeden deliren Hasan Paşa, Hümaşah’ı tehdit eder. Eğer boşanmaktan vazgeçmezse, sırrını tüm saray öğrenecektir. En başta da Sultan Ahmed.. 
Kösem, kaçırılmasının ardında Hümaşah’ın olduğunu düşünür. Hümaşah’ı bir an evvel saraydan göndermelidir. Kocasının tehdidiyle köşeye sıkışan Hümaşah, paşanın elindeki kanıtları yok etmek isterken, Kösem’in Hümaşah’ın sırrına ulaşması an meselesidir. 

Kösem Sultan adım adım iktidara yürürken, haremde hayat herkes için bambaşka bir yöne akmaya başlar.. Özellikle de şehzade Mustafa için.. Muhteşem Yüzyıl Kösem, sürprizlerle dolu yeni bölümüyle Star’da..